최근 생태계 복원 및 관리에 대한 많은 관심이 증가하고 있는데, 효율적인 생태계 관리는 생태계의 현재의 상태를 적절히 평가하고 이에 따른 관리방안을 수립, 실행하는 것이다. 생물은 그들 서식지의 다양한 환경조건에 따라 그 분포와 발생이 결정되기 때문에 자연에서 생물의 발생은 그들의 환경특성을 잘 반영해 주는 것이다. 또한 생태계는 생물과 생물, 생물과 물리화학적 환경인자, 그리고 환경인자간의 서로 상호작용으로 인하여 매우 복잡한 성질을 가지는 시스템이다. 생태계의 이러한 복잡성은 생태계를 효율적으로 이해하고, 평가, 관리하는데 많은 어려움이 있다.

최근 전자, 전산학의 발달과 함께 생태학 분야에서도 많은 새로운 방법론이 도입되어 활발한 연구가 진행되고 있으며, 그 한 분야로서 많은 관심을 받고 있는 것이 생태정보학(ecological informatics)이다. 생태정보학은 전산-수리적 방법을 통하여 생명 시스템 각 계층(분자-세포-개체-개체군-군집-생태계)의 정보를 유기적으로 분석, 종합하고, 환경 교란/스트레스 문제의 해결이나 생태계의 안정성 관리를 위한 생태 자료의 유형화 및 분류, 예측, 환경-생물 인과성 규명 및 진단/관리를 위한 기법을 구현하는 분야이다. 생태정보학은 일반적인 생태학, 생태모델링 등과 상호 유기적인 관계를 가지고 있으며, 정보학 분야의 특성을 생태학 분야에 유기적으로 연결하고자 하는 분야이다.

생태정보학은 생물정보학과 비교되는데 생물정보학은 수리, 통계적 방법들을 이용하여 인간을 포함한 생물의 유전자 해독을 통한 표현형 해석에 중점들 두는데 비해, 생태정보학은 유전자 정보를 포함하고 생명 시스템 각 계층 내 및 계층 간의 정보를 추적하고 생태계 구성 기전이나 생명 시스템의 거시적 보전을 위한 필요 모델을 찾는데에 중점을 두고 있다.